バージョン 8 で追加された機能

ドットプロット（Dot Plots）

ドットプロットの作成で、シーケンスの類似性を迅速に比較し、オーバーラップをチェックできます。

Aligner のドットプロットは、複数のシーケンスを一度に比較できる点が特長です。複数のシーケンスを使用してドットプロットを作成する場合は、垂直(vertical)と水平 (horizontal)シーケンスを選択できます。

ドットプロットをクリックすると、ドットプロット下部にあるアラインメントパネルのその位置に2つのシーケンスが表示されます。マッチング塩基対をブルー背景とすることにより、どの塩基が一致しているかを素早く確認できます。

ドットプロットはズームや印刷も可能です。また、逆順(reverse sequence)を含めたり比較ワードサイズの変更もできます。

クラスタリングシーケンス（Clustering Sequences）

メタゲノミクスで頻繁に使用される分析手順である、ほぼ同一のシーケンスをクラスタリングする機能が新たに追加されました。Aligner の標準クラスタリングアルゴリズムでは、最適な “cluster center sequences” を慎重に選択することで、他のプログラムより大きなクラスターを作成できます。

シーケンスの識別（Identifying Sequences）

この機能は、例えば SILVA のようなデータベースと 18S RNA シーケンスを比較することによって、環境サンプル (environmental sample) 中の種を同定するメタゲノミクスプロジェクトを対象にしています。識別結果は、分類法によって階層的に要約されます。

アミノ酸塩基のアライメント（Amino Acid Based Alignments）

MACSE プログラムを使用して、アミノ酸翻訳に基づくアライメントを作成する機能が追加されています。 MACSE は、アライメント中の未成熟終止コドン (premature termination codon) やフレームシフトの発生を説明しています。MACSE のコーディング領域のアライメントは、Clustal または Muscle で作成されたアラインメントと比較し、ギャップの配置が優れていることがよくあります。

その他

新しいメニュー項目 “Align with Clustal” と “Align with Muscle”
すべてのフォルダの展開と折りたたみ: ボタンをクリックするか、ポップアップメニューを使用して、プロジェクトビュー内のすべてのフォルダを展開または閉じます。
シーケンスを移動するときに新しいフォルダを作成: シーケンスを移動するときに “Move to” ダイアログから新しいフォルダを作成します。
アクティブウィンドウ以外すべてを閉じる：1回のクリックでアクティブなウィンドウ以外のすべてを閉じます。
“Import Subset” オプション: シーケンス、名前、またはコメントの内容によりインポート中にサブセットをフィルタリングします。
翻訳におけるギャップの改善: ギャップは、翻訳不可能な塩基 (例 Ns) とは異なる方法で表示されるようになりました。