バージョン 12.0 の新しい機能

仮想クローニング法の増加

CodonCode Aligner 12.0 は、既存の制限クローニングおよび Gibson Assembly シミュレータに加えて、TA クローニング、指向性 TOPO クローニング、平滑末端 PCR および TOPO クローニングを導入しています。

すべてのシーケンスは、フィーチャーとカットされたサイトを示すマップスタイルで表示することも、ベースレベルに表示することもできます。表示するカットサイトとフィーチャーは、クローニングビューの左側にあるツールバー ボタンを使用してカスタマイズできます。下部のオーバービューには、ベクター、フラグメント、プライマー、プロダクトがグラフィカルに表示されます。

すでに含まれている一般的なクローニングベクターから選択するか、独自のカスタムベクターを使用します。

Tm の設定に応じて最適なプライマーを自動的に選択します。また、必要に応じてスペーサーを追加したり、リーディングフレームを調整したりするなど、プライマーを手動で編集することもできます。

最後に、プライマーとフラグメントを直接エクスポートすることを選択し、クローニング実験からどのシーケンスを作成して CodonCode Aligner プロジェクトに追加すべきかを選択します。

フィーチャーの転送

サンプル間でのフィーチャー (タグ) の転送が、かつてないほど容易になりました。2 つのシーケンスを選択し、検索するフィーチャーの最小 % ID を選択するだけです。また、検索されたフィーチャーのどれを転送するかを手動で調整することもできます。

95% 以上の同一性を持つ共通フィーチャーを検出してアノテーションする前後のベクターを表示した例

コンティグオーバービューのフィーチャーを参照

Aligner 12 では、コンティグオーバービューの矢印にフィーチャー (タグ) が表示されるようになりました。これにより、シーケンス間のフィーチャーを簡単に比較できます。マウスオーバーすると詳細なフィーチャー情報が表示され、矢印のサイズや表示するフィーチャーをカスタマイズできます。

CodonCode Aligner 12.0 は、Windows 11 および macOS Sequoia(15) と互換性があります。