バージョン 6 で追加された機能

プライマー設計

CodonCode Aligner 6 のプライマー設計は、Primer3 を利用してシーケンスまたは PCR プライマーを選択します。プライマーは、使用中のプロジェクトにインポートし、テンプレート・シーケンスでハイライト表示することができます。

ターゲット周辺の設定可能な範囲内の最適な場所で PCR のプライマーペアを作成し、固定された場所でプライマーをクローニング、または調節可能な間隔でプライマーを配列します。

プライマー・ピッキング・パラメーターは高度な調整が可能です。インポート後もプライマーの機能にアクセスすることができます。

整列する場合は、プライマーを一般的な csv ファイル形式でエクスポートできます。

細菌ゲノムのアセンブリ

CodonCode Aligner 6 には、高速かつメモリ効率の良い細菌ゲノムのアセンブリを作成するためのオプションが追加されています。

CodonCode Aligner のスキャフォールディング・アルゴリズムが、高いカバレッジのスキャフォールドを正確に生成します。

CodonCode Aligner 6.0は、Windows XP – Windows 10およびOSX 10.6.8 – 10.11 に対応しています。