バージョン 5 で追加された機能

CodonCode Aligner 5.0 は、Bowtie2 アラインメントを作成し、Paired-end-reads を表示できます。追加された新機能としては、ドラッグ＆ドロップで複数ページを移動したり、Clustal Omega でアラインメントしたり、コンティグの概要の印刷、大規模なプロジェクトやアラインメントに対する速度やメモリ使用の改善などを行っています。

 

Bowtie2 アラインメント

CodonCode Aligner は、Bowtie2 でシーケンスデータをアラインメントすることができます。

 

Paired-End の表示

Paired-end を Bowtie2 アラインメントに対して表示することができます。これらはコンティグの概要に表示され、マウスオーバーで Read に関する情報を見ることができます。

 

ギャップ移動の改善

サンプルとコンティグのギャップの編集がより簡単になりました：同時に１つ以上のギャップを移動することができるようになりました。

コンティグ表示はギャップを移動するのにドラッグ＆ドロップを使うことができ、ギャップの移動の結果を即座に確認することができます。

 

コンティグの概要の印刷

コンティグとサンプルをきれいに並べたバージョンを得るには、コンティグの概要を印刷します。概要はアセンブリのある領域、またはコンティグ全体に対して印刷することができます。

 

Clustal Omega を使ったアラインメント

Clustal Omega を使ったアラインメントを作成することができます。

 

速度とメモリ使用の改善

大規模なプロジェクトやアセンブリ、アラインメントに対する様々な最適化が行われています。必要なメモリ量が削減され、認識できるほど動作が早くなります。