 |
| サイトマップ | |
|
|
| サイトマップ | |
|
 |
 |
CodonCode Aligner バージョン 4.0 では、次世代シーケンシング (Next Generation Sequencing) がサポートされたほか、新しいコンティグ・オーバービュー、選択範囲のツリー構築、ツリーを使用したコンティグの分割、ラベルを使ったシーケンスのハイライト表示、新規ファイル形式の読み込みと書き込み、部分データのインポートなど幾つかの新機能や機能の改良がなされています。
CodonCode Aligner 4.1 には、テーブルの違いを区別する新しいフィルタと、整列した複数サンプルのオーバービューを stacked (積み重ね) または packed (並べる) に切り替えるオプションが追加されました。Windows 8 および OS X Mountain Lion (10.8) と互換性があります。
CodonCode Aligner の新しくなったコンティグ・オーバービュー機能は、大規模なプロジェクトを運用するのに最適化されています。サンプル矢印の表示が改良され、ユーザーは整列 (アラインメント) におけるギャップやサンプルの位置をより良く理解できるようになります。それぞれの位置をマウスオーバーするとそれに関する重要な情報が表示され、サンプルをズームインすると、サンプル矢印にそれぞれの不一致が色分けされて表示されます。
オーバービューをズームスケールで拡大すると現在拡大されている領域の位置が表示されます。
サンプル矢印の上にある対象パネル (coverage panel) には、不一致の箇所が色つきでが表示され (閾値を指定可能)、任意の関心領域に素早く移動することができます。
選択した塩基配列のみから Neighbor-Joining (近隣接合) ツリーを構築し、選択したコンティグ領域における類似性に従ってユーザーがサンプルを並び替えることができます。
コンティグのツリーの枝を削除すると、２つの新たなコンティグに分割することができます。
Neighbor-Joining ツリーを構築する際は、差異の計算時に内部ギャップを含めるか、全てのギャップを含めるかの追加オプションがあります。
プロジェクトビューでお持ちのシーケンス、コンティグ、および、マニュアルのフォルダーを色つきのラベルでハイライト表示することができます：
CodonCode Aligner は、NGS (Next Generation Sequencing) データの解析と表示をサポートするようになりました。新しくなったオーバービュー機能を使えば、大規模なプロジェクトの作業が容易になり、シーケンスの整列の様子や、どこに違いが存在するかを把握しやすくなります。新しいプロジェクト形式を使えば、非常に大量のデータを取り扱うことが可能になり、プロジェクトの読み書きも高速になります。fastq のような新しいファイル形式、および、sam ファイルを使えば、ユーザーはお持ちのデータを一般的な形式にインポートしたりエクスポートすることができます。データの一部をインポートする機能を使えば、プロジェクトの中の選択したシーケンスから特定の文字数を共有するシーケンスのみをインポートすることができますので、大規模なデータセットの中から特定のサンプルのみをインポートすることができるようになります。また、アセンブリとアラインメントについても、より大規模なシーケンスやコンティグに対応できるようになりました。