3.2 幾つかの重要な用語の定義

• セグメント (Segment)：コンストラクトのセグメントとは、表示法が他とは区別される２つの境界線に挟まれたヌクレオチドの範囲です。シーケンス・ビューでは、セグメント内にあるヌクレオチドは全て同一のフォント、スタイル、サイズ、カラーになります。グラフィック・ビューでは、セグメントの全ての場所 (ヌクレオチド) は同一のカラー、塗り潰しパターン、ラインの太さになります。
  
  
• 領域 (Region)：領域 (または関心領域) とは、DNA 内にある一連のヌクレオチドの範囲に対して付けられる特徴 (feature) です。グラフィカルビューにおける領域は、環状 DNA ではその円上に、線状 DNA ではその直下に表示されます。シーケンスビューでは、領域は常にその塩基配列の直下に表示されます。領域インジケーターの一端または両端には矢印を配置できるので、領域に方向が付く場合があります。両端に矢印がある場合と矢印が無い場合は、その領域に方向はありません。ある領域をタンパク質配列にする場合は (オプション)、必ずその領域に方向が付きます。シーケンスビューでは、対応する DNA 配列を矢印の向きに翻訳することによって「タンパク質」領域が作成されます。与えられたヌクレオチド範囲それぞれに対応する複数の領域、および、DNA の各セグメントに対応させる必要のない領域を (重ねて) 付けることも可能です。
  
  
• サイトマーカー (Site Marker)：サイトマーカーとは、 ２つのヌクレオチドに挟まれた DNA の特定の位置に対して付けられる特徴 (feature) です。サイトマーカーは、領域 (Region) の表示と重ならないよう、環状コンストラクトではその外側に、線状コンストラクトではその上部に配置されます。制限酵素部位やユーザーによって DNA 上に配置されたその他の部位は、サイトマーカーであらわされます。

GCK の AutoFeatures コンセプトを使えば、ある種の特徴 (feature) を自動的に定義できる点に注意してください。詳しくは、“AutoFeature Window” および Tutorial 21: “Mark AutoFeatures” をご覧ください。