3.18 読み枠 (Open Reading Frames) の検索

クローン DNA 内に存在する読み枠 (open reading frames) を検索したいことが良くあります。これは、Construct > Features > Find Open Reading Frames… オプションを使用して実行することができます。図 3.37 に示すようなダイアログが表示されます。このダイアログは、ATG で開始し、アミノ酸の長さが 100 以上のタンパク質を生成する読み枠をコンストラクト位置 1-2964 の範囲で GCK が検索することを説明しています。この事例では、下にあるチェックボックスで DNA の上鎖 (Top Strand) と下鎖 (Bottom Strand) の両方を検索対象にを指定しています。デフォルトで指定されたアミノ酸の最小数 100 は、テキストボックスに値を入力することで変更することができます。デフォルトのコドン表は Standard Codon Table が使用されますが、Construct > Features > Choose Codon Table… を選択し、図 3.38 に示すダイアログを使うことによって変更することができます。この事例では、Petunia コドン表が選択されています。各表を選択すると、その内容を説明するテキストが右側のダイアログボックスに表示されます。Gene Construction Kit では、Gene Inspector のコドン表を読み込んで使用することができます。これは、Gene Inspector のコドンファイルを GCK のデータフォルダに置くと自動的に表示されます。GI 形式で作成されたコドン表を開いて編集すると、コドン表はそれ以降 GCK 形� ��で保存されます (“Edit Codon Tables…” 参照)。コドン表の内容はどれもほとんど変わりませんが、ミトコンドリアとトリパノソーマ (trypanosome) の一部の表で異なるコドンが使用されます。これらのファイルは GI のコドン選好性解析 (codon preference analyses) でも使用されるので、GI で使用する追加情報もここに含まれます。

図 3.37： Open Reading Frame ダイアログ

図 3.38：コドン表の選択画面