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CrystalMaker (クリスタルメーカー)
新しい機能

バージョン 9.2 で追加された機能

CrystalMaker 9.2.2

  • 3D 印刷対応 (Mac/Win) (v9.2.2以降)
    多くの 3D プリンターでサポートされている STL ファイルを生成できるようになりました。COLLADA 3D ファイルをサードパーティ・プログラムに変換することなく、簡単に 3D 印刷ができます。
    • CrystalMaker は STL バイナリフォーマットを使用しているため、ファイルが軽量です。STL ファイルを生成するには、File > Export > STL 3D File メニューコマンドを選択してください。

 

CrystalMaker 9.2.0

  1. 原子ベクトルのインポート (Mac/Win)
    新しく AVEC カードを使用して、CrsytalMaker テキストファイルから原子ベクトルの読み取り (および書き込み) ができるようになりました。原子の種類 (サイトラベル) やベクトルが接続する原子のフラクショナル座標系、ベクトルのオリエンテーション、[UVW] とその長さ (ゼロのままでも可) 、色やベクトルの形を指定して、ベクトルをリスト化できます。

    構文がわかりやすくなりました:
    • サイトラベル
    • ホスト原子のフラクショナル座標 (x, y, z)
    • 格子ベクトルとして表されるベクトルインデックス [UVW]。次のエントリーがゼロでない場合、ベクトルの絶対長さは無視されます。
    • ベクトルの長さ、単位 Å (0 を入力すると CrystalMaker が [UVW] 値から長さを計算します) 。
    • フラクショナルな赤、緑、青のカラーコンポーネント。
    • ベクトルの形 (1 = “from atom”; 2 = “through atom”) 。
  • AVEC
    T1 1.0 0.0 0.0 1.0 0.0 0.0 2.0 1 0 0 1
    T1 0.0 1.0 0.0 0.0 1.0 0.0 2.0 0 1 0 1
    T1 0.0 0.0 1.0 0.0 0.0 1.0 2.0 0 0 1 1

    ここでは、各原子ごとに3つのベクトル {1, 0, 0}, {0, 1, 0}, {0, 0, 1} があり、それぞれ赤、緑、青に色づけされています。各ベクトルの長さは 2 Åで、結晶のx軸、y軸、z軸に沿って伸びています。

    CrystalMaker で可能なのは、現在のプロットの範囲内で、見える原子に接続しているベクトルのプロットのみです。テキストファイルでプロット範囲を指定するには、XYZR カードを使用してください。

    必要な構文についての詳細は、オンラインヘルプ (CrystalMaker > Help) または CrsytalMaker User’s Guide の ”Appendix B: CrystalMaker Text Format" を参照してください。
  1. TOPAS 構造ファイルのインポート (Mac/Win)
    CrystalMaker は TOPAS 構造精密化プログラム用の結晶構造入力ファイルを自動判別し、ロードできるようになりました。フル空間群、ユニットセル、非対称ユニット (占有およびオプションの等方性/異方性置換パラメーターなど) を読み込み可能です。

    • TOPAS 構造ファイルは一般的な .str ファイル拡張子を使用します。.str は、ATOMS や STRUPLO など他多数のプログラムで使用されています (CrystalMaker でも読込み可能) 。そのため、オペレーティング・システムがこれらのファイルにユニークなファイルアイコンを割り当てることはありません。

  2. DMol3 構造ファイルのインポート/エクスポート (Mac/Win)
    CrystalMaker は DMol3 の “.car” (単一分子) および “.arc” (多重構造) データファイルを自動判別し、ロードすることができます。”.arc” 多重構造ファイルは同じウィンドウにロードされ、Overview ウィンドウの別の View サムネイルで表示されます。これによって、簡単に拡張配列の同期化とアニメーションが可能です。また、各構造のエネルギーは Notebook ペインに表示されます。

    CrystalMaker は構造データを DMol3 の “.car” ファイルとしてもエクスポートできます。このフォーマットは原子座標を指定するのみで、分子構造にのみ有用です。

  3. 無機分子の緩和の改良 (Mac/Win)
    お客様からの要望にお応えして、主に無機の小さな分子の扱いについて、様々な開発を行いました。MM3 が実行不可能な UFF (Universal Force Field) で力の定数を維持しながら、多数の無機の小さな分子の結合距離と角度が標準値に修正されます (単に修正項をプラスした共有結合半径の合計ではありません) 。意思決定コードがアップデートされ、これらの新しい結合距離が正確に適用されます。

    今回のアップデートは主に Si および Al 含有分子、アンモニア様化合物、H2X 化合物、単結合/二重結合/共鳴/三重結合シナリオのNを含む、H, N, Si 含有の分子に重点を置いています。また、意思決定が事前にコード化されたポテンシャルに対してアップデートまたは修正されました。新しいミニマイザーを使って得られたジオメトリをチェックするための詳しい検査が行われるようになりました。

  4. Spaces-Aware Tile コマンドど Stack Windows コマンド (Mac)
    複数画面および/または ”Spaces” を使用する Mac ユーザーは、Window > Tile コマンドおよび Window > Stack コマンドを使用して、他のスペースのウィンドウに支障が出ないように、現在のスペースにウィンドウをきれいに並べることができます。

    以前のバージョンでこれらのコマンドを使用すると、CrystalMaker ドキュメントウィンドウを全て現在のスペースに集約していました。今回のバージョンでは、現在のスペースに表示されているウィンドウのみがタイル表示またはスタックされます。

  5. Space-Aware Auto-Rotate All コマンド (Mac/Win)
    shift
    キーを押すと Transform > Auto Rotate… コマンドが Transform > Auto Rotate All (最前面のウィンドウが自動回転になっている場合は Stop Rotating All) に変わります。これによって、簡単に現在のスペースの全ウィンドウの回転を開始 (または停止) することができます。

    明確にするために、他の動的 Auto Rotate(省略なし)メニューオプションは消えます(ツールバーの Auto Rotate ボタン機能が単純に複製されます)。

    • shift キーを押しながら、ウィンドウツールバーの Auto Rotate ボタンをクリックすると、同じメニューコマンドをクリックするのと同じ動作になります。

  6. その他の変更
    • (Mac/Win) Add Hydrogens コマンドがホウ素を認識し、必要な数のH原子を追加します。
    • (Mac/Win) ユーザーズガイドの更新。新機能を記載し、目次がより詳しくなっています。
    • (Mac/Win) 以前のバージョンで問題となっていた無効な原子 ID を含むバイナリファイルのロード時のエラーチェック機能をより堅牢に修正。
    • (Mac) 別のウィンドウ内の構造が自動回転となっているときにアンドゥレベルが使用できないバグをフィックス。
    • (Mac) 2本指トラックパッドクリックが「右マウス」クリックとして正しく認識されます。(OS X 10.10 “Yosemite” 固有の問題でした。)
    • (Mac) “Preview” アプリケーションに表示したときに COLLADA 3D ファイルがブランクになる問題を解決 (同じファイルが別の 3D アプリケーションでは正確にレンダリングされました)。
    • (Win) インストーラーの改良。安定性の向上と、ライセンス手続きの簡素化。
    • (Win) LEAP Motion Controller 対応。インストール中またはプログラムのシャットダウン中のクラッシュ可能性を回避。