3. 多重シーケンス整列 (MSA: Multiple Sequence Alignment) の外観を変更するにはどうしたら良いでしょうか？ Gene Inspector には MSA を表示する 640 通りの表示法があると聞いています。

シーケンスエディタには、シーケンスを保存したり表示する以外にも、多重シーケンス整列を手軽に起動したり、一旦生成された整列結果を後から細かく調整できる機能が用意されています。

多重シーケンス整列は、"New Analysis" として標準的な解析セットアップパネルを使って作成することもできます。シーケンスの多重整列の詳細については、GI マニュアルのチュートリアル５をご覧ください。

"New Analysis" の機能を使った場合であっても、シーケンスエディタウィンドウから "Sequence > Alignment > Align All Sequences..." メニューを単純に選択した場合であっても、多重シーケンス整列が完成すると、以下に示す多数のオプションを選択することができます：

• Sequence > Display > Hide Overview を選択する。シーケンスウィンドウの一番上には Overview ペインが表示されていますが、表示される全てのシーケンスの長さが同一になった場合はこれが不要になるため、非表示にすることができます。
  
  
• Sequence > Consensus > Show Consensus Row を選択する。シーケンスの一番上にコンセンサスシーケンス (整列の特定位置における最も共通する文字) をあらわす一行が追加されます。
  
  
• Sequence > Consensus > Show Scoring Row を選択する。各位置における一致度をあらわすヒストグラムの一行が追加されます。
  
  
• 最後に、Sequence > Consensus > Show Shading を選択する。ドキュメントにシェーディング (色の濃淡) が追加されます (GI マニュアルの図 2.18 参照)。シェーディングで示されるのは、コンセンサスシーケンス部分と一致する各シーケンスの部分です。コンセンサスシーケンス部分と一致する部分が多いほど、その色は濃くなります。

Name 列にある "SCORE" という文字をクリックすると、スコア行全体が選択状態になります。Format メニューを使用して異なる色やパターンの指定を試してみてください。選択内容に応じてシェーディングがどのように変化するかをご確認ください。

整列シーケンスに "Custom Adornments" (カスタム装飾) を配置することは、MSA (多重シーケンス整列) を説明する最もパワフルでフレキシブルな手段です。Sequence > Consensus > Custom Score Adornments... を選択して、整列されたシーケンスを思い通りに表現するためのオプションを幾つかお試しください。以下に例を示します：

• Grade background color of characters that match / or don't match the consensus sequence
  コンセンサスシーケンスと一致または不一致する文字の背景色にグラデーションを付ける
• Fill behind characters that match / or don't match the consensus sequence
  コンセンサスシーケンスと一致または不一致する文字の背景を塗潰す
• Invert the characters that match / or don't match the consensus sequence
  コンセンサスシーケンスと一致または不一致する文字の色を反転する
• Replace characters that match / or don't match the consensus sequence
  コンセンサスシーケンスと一致または不一致する文字を置き換える
• Draw boxes around characters that match / or don't match the consensus sequence
  コンセンサスシーケンスと一致または不一致する文字の周囲に枠を付ける

"Custom Adornments" ダイアログには、書式を適用する前に変更内容をプレビュー "Try Out" (試してみる) できる機能が用意されています。実際の状況を最も適切に表現する MSA 表示を自由にカスタマイズすることができます。