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更新日: 14/03/17

3. 多重シーケンス整列 (MSA: Multiple Sequence Alignment) の外観を変更するにはどうしたら良いでしょうか? Gene Inspector には MSA を表示する 640 通りの表示法があると聞いています。

シーケンスエディタには、シーケンスを保存したり表示する以外にも、多重シーケンス整列を手軽に起動したり、一旦生成された整列結果を後から細かく調整できる機能が用意されています。

多重シーケンス整列は、"New Analysis" として標準的な解析セットアップパネルを使って作成することもできます。シーケンスの多重整列の詳細については、GI マニュアルのチュートリアル5をご覧ください。

"New Analysis" の機能を使った場合であっても、シーケンスエディタウィンドウから "Sequence > Alignment > Align All Sequences..." メニューを単純に選択した場合であっても、多重シーケンス整列が完成すると、以下に示す多数のオプションを選択することができます:

Name 列にある "SCORE" という文字をクリックすると、スコア行全体が選択状態になります。Format メニューを使用して異なる色やパターンの指定を試してみてください。選択内容に応じてシェーディングがどのように変化するかをご確認ください。

整列シーケンスに "Custom Adornments" (カスタム装飾) を配置することは、MSA (多重シーケンス整列) を説明する最もパワフルでフレキシブルな手段です。Sequence > Consensus > Custom Score Adornments... を選択して、整列されたシーケンスを思い通りに表現するためのオプションを幾つかお試しください。以下に例を示します:

"Custom Adornments" ダイアログには、書式を適用する前に変更内容をプレビュー "Try Out" (試してみる) できる機能が用意されています。実際の状況を最も適切に表現する MSA 表示を自由にカスタマイズすることができます。

 

 

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