4.4 切断部位の定義

リストのエントリは、必ずしも制限酵素にする必要はありません。リンカー、PCR プライマー、または、すぐにアクセスしたいその他の塩基配列にすることもできます。新規エントリを制限酵素部位にする場合は、その制限酵素の切断部位も一緒に定義する必要があります。これは、List > Define Cut Site を選択して表示される図 4.5 に示すダイアログボックスを使って定義することができます。実際の切断部位は、DNA 配列に沿って矢印を適切な位置までドラッグするか、矢印を移動させたい位置をマウスでクリックして定義します。矢印が実際の塩基配列から隣の DNA にはみ出した場合は、認識配列の末端と現在の矢印位置の間のヌクレオチド数をあらわすインジケーターが表示されます。

GCK では GCK Data フォルダに存在するリストの数だけリストを使うことができます。Textco では、認識配列が 4-, 5-, 6-, 7-, 8- 塩基の市販されている制限酵素リストを含む一般的なリストを用意しています。

図 4.5：切断部位の定義例