3.14 塩基配列の検索

コンストラクトを塩基配列で表示すると、コンストラクト内の任意の位置にカーソルを置き、次に出現する塩基配列を検索することができます。これは、Edit > Find… (command-F/ctrl-F) を選択することで実行することができます。図 3.21 に示すようなダイアログが表示されます。

図 3.21：Find Sequence ダイアログ

Find Sequence で使用する検索ダイアログは、アルファベットの大文字と小文字を区別するので、検索プロセスを厳密に制御することができます。検索文字列としてヌクレオチドを大文字 (Upper Case) で入力するとターゲットの塩基配列 (すなわち保存領域) と厳密に一致します。反対に、小文字 (lower case) で入力したヌクレオチドは、ミスマッチを許容する塩基配列の部分に使用することが可能で、このクエリー内でミスマッチを許容する文字列の最大数を定義することができます。検索では、検索文字列にあいまい文字 (N, Y, W, B, D, etc.) を利用することもできます。これは、ターゲット配列のヌクレオチドにばらつきがあるような場合に便利です。Legal Nucleotide Characters の一覧表はこちらをご覧ください。

チェックボックスを使えば、検索対象に上鎖のみ (または上下両鎖) を定義したり、一致する文字列が見つかる度に検索を塩基配列の先頭に戻って実行するかを設定することもできます。

検索したい塩基配列を入力し Find Next ボタンをクリックしてください。GCK は、カーソル位置以降の塩基配列を検索し、リスト表示された塩基配列の中から次に出現する塩基配列をハイライトで表示ます。Edit > Find > Find Next… (command-G/ctrl-G) を選択すると、もしそれが見つかったら、次に出現する塩基配列にジャンプすることができます。