3.7 部位のマーキング

Construct > Features > Mark Sites… (comment-M/ctrl-M) を使用して、コンストラクトに沿って部位 (site) をマークすることができます。このメニューを選択すると、図 3.9 に示すようなダイアログが表示されます。このダイアログボックスを使用して、様々なリストにある制限酵素を使用して、実際にマークを付ける部位の種類と数に関するパラメータを自ら定義して、コンストラクトの複数の部位にマークを付けることができます。以下にこのダイアログのオプションを示します：

図 3.9： Mark Sites ダイアログ

ダイアログの一番上にあるポップアップメニューでは、ダイアログの左側のリストに表示させる酵素を指定します。GCK データフォルダにある酵素リストのいずれかひとつがポップアップメニューに表示されることになります^b。

Mark only those enzymes with… には、３つのチェックボックスが用意されており、…blunt ends、…5’ overhang ends、…3’ overhang ends を任意に組み合わせて表示させることができるようになっています。３つのチェックボックスをすべて選択すると、すべての部位が表示されます。すべてのチェックを外すと、部位は何も表示されません。

左側のリストにある酵素のいずれかをクリックして Add-> ボタンをクリックすると、選択した酵素が右側の Enzymes to mark: に移動します。右側のリストの全ての酵素が標的 DNA の対応部位の検索に使用されます。Add All-> ボタンは左側にあるすべての酵素を右側のマークする制限酵素リストに追加します。右側のリストで制限酵素を選択し、Remove ボタンをクリックすると、その項目は Enzymes to mark: から除外されます (ここで除外された制限酵素は、別のダイジェストで使うために制限酵素ファイルには残されています。検索対象の部位リストから項目が除外されたにすぎません) 。

Mark enzymes for which… では、実際にマークを付けたい部位をその切断頻度の範囲で指定できます。このフィールドを空のままにすると、すべての部位が表示されます。上のフィールド More than ‘n’ sites are found では、マークを付ける制限酵素認識部位が標的 DNA に必ずあらわれる回数の最小値を定義します。最小数を有効にするには、テキストの左側にあるチェックボックスにチェックが入っているか確認してください。下のフィールド Less than ‘n’ sites are found では、マークを付ける制限酵素認識部位が標的 DNA に必ずあらわれる回数の最大値を定義します。チェックボックスを２つともチェックすることで、切断頻度の範囲を指定して見つけることができます。例えば、切断が２～５回の制限酵素だけを確認したい場合は、上のボックスに "1" を、下のボックスには "6" を入力します。

Display new sites… では、新規部位へのマークを付け方 (シンボルまたはテキスト) を指定できます。いずれかのラジオボタンを選択してください。

Mark enzymes whose sites… では、検索ターゲットとして使用するコンストラクトの部分を定義できます。このラジオボタンは、実際に DNA の選択範囲を指定しているときだけ、有効になります。それ以外の場合は選択できません。DNA が何も選択されていない場合、検索はコンストラクトの DNA 全体に対して実行されます。…are found in the selected sequence を選択すると、選択した DNA 内に認識配列を持つ制限酵素のみがリストに表示されます。この制限酵素は、選択したセグメントの外側にも部位があります。…occur exclusively within the selection を選択すると、選択した DNA 内に認識配列を持ち、かつ、コンストラクト内にはそれ以外の部位が存在しない制限酵素のみがリストに表示されます。この選択を、“Mark enzymes for which…” と合わせて使えば、実現したいタスクの条件を厳密に満たす制限酵素のみをリストに表示させることができます。