6基本原子と表示される原子の違い

Crystal A および B の構造は、ユーザーが変更し、Save Crystal A/B コマンドを使って保存することができます。通常、基本原子 (basis-atoms) リストといっしょに保存されます。このリストを表示するには、Show Crystal A/B コマンドをクリックします。

基本原子リストのみ変更が可能です。これは、原子リストが基本原子リストに対象操作を加えて作成されるからです。対象演算子が x,y,z (一致演算子) だけならば、原子リストと基本原子リストは同一です。ただし、プログラムは 2つのリストを有します。

1つの単位格子の構造を表示させると、ウィンドウ隅の原子リストにも原子が表示されます。たとえば基本原子リストに原子 が1つだけある (x=0,y=0,z=0) とき、これを編集して (1,0,0), (1,1,0), (1,1,1), (0,1,0) などの原子を作ったとき、スクリーンにはそれらの原子も表示されます。これらの構造は、Save Crystal A/B コマンドを使って保存することができます。

これとは異なる方法で構造を編集することもできます。1つの単位格子をスクリーン上に作成したら、回転ツールを使って格子を回転させます。情報ツールを使って原子をクリックすると、その情報が得ることができます。このとき、その値を変更したり原子の種類を変えることができます。変更した情報は原子リストに保持されます (基本原子リストではありません) 。これを Save Crystal A/B コマンドを使って保存しても、変更はファイルに保存されません。しかしながら、Option キーを押しながら保存すると、この原子リストも保存され、変更がファイルに保存されます。

なお、(1,1,1) の原子は変更できないことに注意して下さい。(1,1,1) の原子はどちらのリストにも保持されず、ただ単位格子の隅を表示するために使用されます。また、隅にある原子で単位格子内に存在するのはその 1/8 だけです。(0,0,0) の原子のみ全体が単位格子内にあります。その他の隅にある原子は、7/8 は隣の単位格子内に存在することになります。