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ATOMS (アトムス)
新しい機能
製品概要 新しい機能

ATOMS の新しい機能


バージョン 6.5 の新機能

  • 3Dプリントのサポート
    3Dプリントの最も一般的なフォーマットとされるStereoLithograph (.STL) と Wavefront (.OBJ) を出力できるようになりました。

 

バージョン 6.4 で追加された機能

  • 3次元表示の拡張
    Windows 版ではクアッド・バッファの OpenGL と Direct3D を使って、多くの新しい表示をサポートしました。
    (関連情報:3D Stereo Viewing with ATOMS and SHAPE

  • Flash ムービーのサポート
    プラットフォームに依存しない Flash(.SWF) フォーマットで、回転や振動のビデオファイルをエクスポートできるようになりました。
    (関連情報:Thermal motion)

 

バージョン 6.3 で追加された機能

  • Mac 版が Intel Mac にネイティブ対応しました。

 

バージョン 6.2 で追加された機能

  1. ボンドカラーの等分表示
    2つの異なる色からなる原子において結合の中間まで半々に着色可能。

  2. 移動可能なラベル
    原子、ボンド、アングルのラベルを個々に移動可能。
  3. タンパク質描画モード、PDB ファイル形式対応
    PDB ファイルから生成されるデータのタンパク質表示モードは、残基のバックボーン原子 (蛋白質の主要部分) の接続のみ表示します。ヘテロ原子はフル表示可能で、残基はシーケンス番号により選択表示可能です (Input2 メニューの Protein ダイアログ)。

  4. CIF ファイルのインポート機能改良
    mmCIF (分子) フォーマットに対応しました。
  5. 水素原子の配置
    ATOMS は、水素原子を近似的に配置します。
  6. 振動のアニメーション
    VIBRATZ により振動モードの情報が記述されたファイルをインポートし、スクリーン上でアニメーション表示可能です。Windows 版と Mac 版では、movie/video ファイル (.MOV または .AVI) を生成し、外部ソフトで表示することもできます。

  7. 対称操作数
    生成された各原子の対称操作の数を上付きイタリック文字で表示可能です。
  8. POV-RAY のキャビティーモード
    V6.0 の POV-Ray レイトレーシングにおいても、キャビティーモードのファイル書き出しは可能でしたが、Constructive Solid Geometry (CSG) アルゴリズムの採用により、高解像度の出力が可能となりました。

 

バージョン V6.1 で追加された機能:

  1. 結晶軸を画面端に配置可能
    Input2/Display of Structure Axes オプションにおいて、プロットエリアの角に軸を配置できます。
  2. 再計算時のオリエンテーション変更
    Calculate オプション (File メニューまたはダイアログバー左) で、カレントオリエンテーションを保持できるようになりました。
  3. Z-MATRIX 入力
    分子の原子座標を z-matrix フォームで入力可能になりました。
  4. シャッターグラスによるフルスクリーン 3D 表示 (Windows 版のみ)

 

バージョン 6.0 で追加された機能:

旋回ムービー、POV-Ray ファイル、電磁波ベクトルシミュレーション、固溶体シミュレーションのための原子ランダム化プロパティ、新しい原子抹消ツールと一般的な平面と 3D モードにおける円筒形などが追加されました。

  • ウィンドウ表示方法の変更
    Windows でも Macintosh でも、まず最初にスタートアップウィンドウが現れ、そこからデータを開いたり読み込んだり入力します。データを受け取ると、グラフィクスウィンドウがメインとなりスタートアップウィンドウと入れ替わりで表示されます。グラフィクスウィンドウは、テキストウィンドウや他の子ウィンドウの親となります。

  • 旋回ムービー (Rotation Movie)
    構造データを動画ファイル(Windows では AVI、Mac では MOV)に出力します。動画ファイルは一連のビットマップ画像により構成されます。
    Rotation Movie の
    出力オプション

  • POV-Ray ファイル出力
    POV-Ray は、可能なすべての光線の経路をピクセルごとに計算することで 3D 画像を描画するプログラムです。ATOMS の 3D モードで利用される OpenGL ソフトウェアと比較してより精密な照明効果の実現が可能です。陰影と反射は特徴的な効果ですが、その他にも多くの機能があります。背景や他のオブジェクトを追加できます。ファイルの形式は ASCII テキストになっており、編集することも可能です(sample.pov)。

    POV-Ray File 書出しオプション
    ■3D Display Settings
    General
    Lighting
    Material
    Fog (fading)
    Polyhedra

  • Randomize オプション
    ATOMS には、断片的な原子としての固体溶液を直接表示するため特別の設定はありませんが、 Imput1 メニューの Atoms – Global ダイアログ内で Randomize オプションを使用してランダムベーシス上の選択された原子群の色や他のプロパティを変更することができます。

バージョン 5.1 で追加された機能

ゼオライトZSM5
Powder Pattern

バージョン 5.0 から、レイヤーの拡張(粘土鉱物のモデリング等に使用)、分子配置のための新しいオプション、2D/3D 描画機能の拡張など、20以上におよぶ追加と拡張がなされています。

バージョン 5.0 で追加された機能

新しい「Cavities(空洞)」表示モードは、結晶の開いた空間を表示します(図を参照:ゼオライトZSM5)。粉末回折法のシミュレーションや歳差運動写真の表示や印刷ができます。または構造要因、粉末強度の印刷もできます。多面体や原子のためのハッチパターンは、モノクロ描画において区別できるよう改善されました。マウスを使用した旋回機能など、多くのユーザーインターフェースに改良が施されています。