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P-糖タンパク質トランスポーター Model

P-糖タンパク質 (P-gp) は、MDR1 遺伝子によりコードされた ATP 駆動薬剤排出ポンプであり、薬の異なるクラスを含む広範囲の化学構造を輸送することが可能です。P-gp による輸送活性は、P-gp による輸送と、経口薬の生体利用効率低下や血液脳関門などの血液組織関門を通過する薬剤候補の能力低下とに関連性があるため、薬剤の重大な障害の指標となります。さらに、薬が P-gp 排出の大きな影響下にあるような場合には、薬物-薬物相互作用につながる強力な P-gp 阻害剤により、その分布・吸収・排出が変更されてしまうかもしれません。それゆえ、創薬や発展の観点からも、薬物設計プロセスの初期段階において、薬剤候補の P-gp 輸送情報を得ておくことが望ましいでしょう。

データ・手法・結果・model の利用方法に関する全詳細は、modelと共にダウンロード可能な詳細情報として下記からダウンロード可能です。

データ

model は、P-gp 排出活性分析から得られた公用データのレビュー (Mol. Inf. 31(8), pp. 599–609 (2012)) に含まれている Zdrazil らによるデータを利用しています。２つのデータセットを利用しており、ひとつは、化合物を P-pg 阻害剤もしくは P-pg 非阻害剤として分類するためのもの、もうひとつは、MDR CCRF vcr1000 セル中で分析されたダウノルビシン輸送からの pEC50 データを予測するためのものです。

結果

Classification (分類モデル)

Modelling method	Training set		Validation set		Test set
Modelling method	Accuracy	Kappa	Accuracy	Kappa	Accuracy	Kappa
Random forest	1	1	0.93	0.86	0.86	0.71

Continuous pEC50 (pEC50 の連続モデル)

Modelling method	Training set		Validation set		Test set
Modelling method	R²	RMSE	R²	RMSE	R²	RMSE
GP Opt	0.93	0.30	0.70	0.61	0.60	0.50

P-gpトランスポーターmodelの利用方法

StarDrop で利用可能なこれらの model は、下記リンク先よりダウンロード可能です。

※ Optibrium 社の Community サイトに登録する必要があります。

P-gp_inhibitor_classification.aim / P-gp_pEC50.aim

StarDrop で利用するために、ダウンロード後、これらのファイルを適切な場所に保存してください。Models タブ中のボタンを利用し、StarDrop に保存した model を取り込んでください。あるいは、modelファイル保存ディレクトリーを、StarDrop 起動時の model 自動ロード用パスに追加することが可能です。File → Preference メニューオプションを選択し、File Locations タブにある Models の下にディレクトリを追加してください。

モデル・データセット・モデル化過程での詳細出力に関する全詳細は、.zip 圧縮ファイルをダウンロードしてご確認ください。