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更新日: 17/06/23

Q-Chem 5 インストールガイド (Linux/Mac シリアル版)

[前準備] 

  1. Order number の取得
    製品版、評価版ともにお客さま固有の Order number が必要です。これは、電子メールにより Q-Chem 社(開発元)または弊社より連絡されます。

  2. パラレル版のみ
    MPI などの並列処理用プログラムの導入・設定が必要です。

 

Linux / Mac シリアル版の新規インストール

  1. スクリプトファイル「qcinstall.sh」の入手
  2. スクリプトファイル「qcinstall.sh」の実行
  3. ライセンスファイルの取得
  4. ライセンス・インストール
  5. 環境設定
  6. 簡単な動作確認

1. スクリプトファイル「qcinstall.sh」の入手

次の2つの方法があります。

(A) スクリプトファイル「qcinstall.sh」のみダウンロード

パッケージを構成するファイルは手順2 を実行することでインストールされます(手順2実行の際、マシンがインターネットに接続されている必要があります)

 

(B) スクリプトファイルを含むパッケージを構成するすべてのファイルを TAR ファイルとしてダウンロード

マシンがインターネットに接続されていない環境で手順2を実行する場合はこちらの操作をお願いします。

  1. Order number をお知らせしたメールに記載のダウンロードページ下部(下図参照)の「1. Please select the Q-Chem executable binary codes...」において「Linux 64 Bit Serial/multicore-parallel Code」を選択し、ライセンス承諾書をご確認の上ご同意ください(「I agree to the terms and ... 」のチェックボックスにチェックマークを入れてください)。

    Submit」を選択すると、「qc50.tar」がダウンロードされます。

    (Mac の場合、「Mac Intel OSX 64 Bit Serial/multicore-parallel Code」を選択してください)


  2. 次のコマンドを実行し TAR ファイルを展開してください。
    [root]# tar xvf qc50.tar
    

 

2. スクリプトファイル「qcinstall.sh」の実行

このスクリプトの実行によりプログラムのインストール、環境設定、ライセンス申請を自動的に行います。

  1. qcinstall.sh」ファイルを実行します。
    [root]#./qcinstall.sh
    	******************************************************************
    	*                                                                *
    	*                Welcome to Q-Chem Installation                  *
    	*                                                                *
    	******************************************************************
    

  2. ここでは、新規インストール「n」を入力し Enter キーを押します。
    	Would you like to upgrade your current Q-Chem or install a new one?
    	Type 'u' to upgrade, 'n' for new installation , 'x' to exit
    	n
    

  3. インストール先ディレクトリのパスを指定します。ここでは「/usr/local/qchem」と設定します。ここで設定するディレクトリが空であるか、もしくは存在しないものが推奨されます。
    この設定は「$QC/config/shellvar.txt」ファイルに記述され、あとから変更も可能です。
      	    Please specify the path of the new Q-Chem directory,
      	    or type 'x' to exit program
      	    /usr/local/qchem
    

    ルートディレクトリの設定が実行されます。(ルートディレクトリに指定したディレクトリが既に存在している場合には、ここでパスが正しいか確認されます)

  4. 次にインストールするプログラムを選択します。ここではシリアル版をインストールするため「4」を入力し、Enter を押します。
    	QCPLATFORM is LINUX_Ix86_64
    
    	Available binary for LINUX_Ix86_64
    	 1 -- Linux 64 Bit Parallel Version (MPICH - recommended)
    	 2 -- Linux 64 Bit Parallel Version (require MPICH3)
    	 3 -- Linux 64 Bit Parallel Version (require OPENMPI 1.10)
    	 4 -- Linux 64 Bit Serial/Multicore-Parallel Version
    
    	Which Q-Chem program would you like to install?[1-4]
    	Press 'x' to exit installation		   4
    

    必要なファイルがあるか確認の手続きが実行されます

  5. 次に環境設定を行います。まず、一時ファイルの保存先ディレクトリを設定します。ここでは「/usr/local/scratch」に設定します。
    この設定は「$QC/config/shellvar.txt」ファイルに記述され、あとから変更も可能です。
    	******************************************************************
    	*                                                                *
    	*                  Q-Chem Runtime Environment                    *
    	*                                                                *
    	******************************************************************
    
    	A scratch directory is required for storing temporaty files
    	and for restarting jobs. In a cluster environment the scratch
    	directory must be a shared directory among all the nodes
    	 Please sepcify the full path of your scratch directory: 
     	 /usr/local/scratch
    
    一時ファイルの保存先ディレクトリのパスが確認が行われます。

  6. デフォルトの使用メモリ上限を指定します。
    インプットファイルにてメモリ上限を指定した場合はそちらが使用されます。
    $QC/config」にある「preference」ファイルを変更することで、あとから設定の変更が可能です。
    なにも入力せずに Enter を押しても 2000MB と設定されます。
    	Default Upper Memory Limit:
    	MEM_TOTAL is the maximum amount of memory used by each Q-Chem
    	process. Here you can set a default value for MEM_TOTAL, which
    	will be saved in $QC/config/preference file. You can edit
    	this file later or overwrite its value in your input file.
    	 How many Megabytes would you like this limit to be? [2000]2000
    

  7. 次に、「y」を選択し、ライセンスアグリーメントをご確認ください。
    なにも入力せずに Enter を押した場合、「y」が選択されます。
    	******************************************************************
    	*                                                                *
    	*                  Q-Chem License Agreement                      *
    	*                                                                *
    	******************************************************************
    
    	Provided here is a chance to look over Q-Chem's Licensing agreement
    	for the version that you have decided to install before proceeding
    	with license registration.
    
    	 Would you like to view the licensing agreement? <y/n>...<y>y
    

  8. ライセンスアグリーメントをご確認に頂いた後に、ライセンス申請情報の入力を行います。まず、お客様のオーダー番号をご入力ください。
    	******************************************************************
    	*                                                                *
    	*                  Q-Chem License Registration                   *
    	*                                                                *
    	******************************************************************
    
    	Registration is required for licensing purpose and a VALID Email
    	address must be provided to receive Q-Chem license file.
    
    	 - If you are a current Q-Chem user please provide the order number
    	   below. It can be found in the email you received from Q-Chem.
    
    	 - If you are a new Q-Chem user without order nubmer please enter 0
    	   below and provide the registration information subsequently.
    
    	 Please enter your order number: ####
    

    次に、メールアドレスをご入力ください。
    	[IMPORTANT: a valid Email is REQUIRED to receive license]
    	 Please enter your email address CORRECTLY:  soft.support@hulinks.co.jp
    

    最後に、入力した情報か表示されます。間違いがなければ「y」を入力してください。
    	  User Registration Information:
    	  -----------------------------
    	  Order Number: ####
    	  Email:       soft.support@hulinks.co.jp
    
    	  Is the above information correct?<y/n>...<y>y
    

    インストールサマリーが表示されスクリプトが終了します。

 

3. ライセンスファイルの取得

お客様の環境等により (A) (B) の2通りが考えられます。

いずれの方法であっても手順4以降に差異はありません

(A) オンライン環境において正常に手順2のスクリプトが完了した場合

自動的に開発元へライセンスの申請が行われます。手順2において入力したメールアドレス宛に開発元からライセンスファイルが送付されるので、メールが届くまでお待ちください。

 

(B) 上記以外の場合

(オフライン環境、数日経過してもライセンスファイルが届かない、等)

手動にてライセンス申請を行ってください。インストール先ディレクトリ $QC 直下に生成された「license.data」ファイルを弊社もしくは Q-Chem 社宛にメールにてご送付ください。

 

4. ライセンス・インストール

開発元(office@q-chem.com)より下図のような「Q-Chem 5.0.0 License -...」という件名のメールが届きます。メール本文の下のほうにある「#Maintenance」から始まる2行をコピーして、「$QCAUX/license」ディレクトリに「qchem.license.dat」として保存してください。

 

5. 環境設定

Q-Chem を使用するには、ユーザ毎に環境変数の設定が必要です。シェルのリソースファイルに記述しておけば、毎回の設定が不要になります。

設定例

 < bash, sh 系ユーザの場合 >

 < tcsh, csh 系ユーザの場合 >

 

6. 簡単な動作確認

  1. 環境変数の設定反映のため、再ログイン、または source コマンドを実行します。
    <実行例>
        $ source ~/.profile
        $ which qchem
       /usr/local/qchem
    

  2. $QC/samples/ ディレクトリにあるサンプル入力ファイルをコピーして、qchem プログラムを実行します。
    <実行例>
    ここでは $QC/samples/freq/hf_h2o.in を使用します
        $ cp $QC/samples/freq/hf_h2o.in .
        $ qchem hf_h2o.in hf_h2o.out &
        You are running Q-Chem version: 5.0.0
    

  3. 計算結果を確認します。計算が正常終了すると、出力ファイルの最後に "Thank you very much for using Q-Chem. Have a nice day." と表示されます。
    <実行例>
        $ tail hf_h2o.out
        -----------------------------------------------------------------
        Total job time: 0.00s(wall), 0.22s(cpu)
      Thu Jun 19 11:27:48 2014
    
    	**********************************************************
    	*                                                        *
    	* Thank you very much for using Q-Chem. Have a nice day. *
    	*                                                        *
    	**********************************************************
    

<補足>

参照用インプットファイルが $QC/samples/ 以下にありますので、ご利用ください。対応するアウトプットファイルは $QC/samples/qcref にあります。

Q-Chem 用のグラフィカルインタフェースとして開発された IQmol のダウンロード(無償)はこちらから(ただし、弊社でのサポートは致しかねます)