CLiDE 5.0 リリースノート (Professional 版)

リリース：2011 年08月10日

新機能

プラットフォーム拡張：

• CLiDE Professional を Linux にポーティング
  このバージョンの CLiDE Professional は CentOS 5 (Red Hat Enterprise Linux 5 と同等) マシンでビルドされました。従って、CLiDE Professional は 2007 年以降の Linux ディストリビューションのみサポートします。
  
  
• CLiDE Professional を Mac にポーティング
  このバージョンの CLiDE Professional は Mac OS X 10.6 (Snow Leopard) マシンでビルドされました。従って、CLiDE Professional は Mac OS X 10.6 以降のみサポートします。

 

インポート：

• 次の文書フォーマットを新たにサポートしました：
  
  1. MS Word 1997 – 2003 (doc 形式)
  2. MS Word 2007 – 2010 (docx 形式)
  3. HTML (電子メール用)
  
  これらのファイル形式にエンベッドされたデータへのアクセスには、CLiDE Professional は、ユーザーのマシンにインストールされている次の外部ソフトウェアに接続します：
  
  1. Windows プラットフォーム：MicroSoft Word 2007 以降
  2. Linux/Mac プラットフォーム：LibreOffice 3.4 以降
  
  
• MS Word 文書にエンベッドされたオブジェクトから分子の抽出をサポートします。次の形式のエンベッドされたオブジェクトを処理します：
  
  1. ChemDraw オブジェクト
  2. Accerlys Draw (以前は SymyxDraw や IsisDraw と呼ばれた) オブジェクト
  
  複数の分子を含むエンベッドされたオブジェクトからの分子の抽出もサポートしました。

 

化学構造式の抽出：

• 修正のステップの後に、相互に非常に近い場所にある原子を持つ分子の自動マージ機能を追加しました。これは互いに接触している接続された部分は、分子を部分に分割してしまうことで、分子の抽出におけるエラーを起こすためです。

  化学構造式

  CLiDE Professional 4.x で 抽出した分子

  CLiDE Professional 5.x で 抽出した分子

  
  
• カギ括弧の自動認識を追加しました。これはカギ括弧から分子を作成しようとすることを避けるためです。
• 下線付きのテキストの自動認識を追加しました。これは下線付きのテキストから分子を作成しようとすることを避けるためです。

  Extraction from page 83 of patent WO2008099019 by CLiDE Professional 4.4

  Extraction from page 83 of patent WO2008099019 by CLiDE Professional 5.1

 

エラーレポート：

• 抽出された分子内の次のエラーを特定し、レポートするようになりました：
  
  1. 短いボンドでの原子の衝突
  2. ボンドの小さい角度 (15度以下)
  3. 原子の分解
  
  原子の分解とは、互いに近距離にある２つの分子の部分をマージすることによって、CLiDE が抽出された分子を自動的に修正しようとすることを示しています。これは互いに接触している接続された部分は、分子を部分に分割することで、分子の抽出におけるエラーを起こすためです (上記を参照) 。

 

分子の表示：

• 次のカラースキームに基づいて分子の部分をハイライトするように拡張されました。暖色はエラーを示すために使われ、寒色は他の情報を示すために使われます：
  
  

  	超原子
  	R-基
  	原子価が誤っている原子
  	解釈されていない原子
  	ボンドが短くクラッシュした原子
  	ボンド角が小さい原子
  	CLiDE の分子抽出が分子を部分に分割してしまった原子

 

エクスポート：

• エンベッドされたオブジェクトから抽出された分子をエクスポートするとき、エンベッドされたオブジェクトのオブジェクト ID が保存されます。
• 解釈されていない原子、原子価が誤っている原子とは別に、ボンド角が小さい原子や分解された原子も、エクスポートファイル内に示されます。

 

変更点

化学構造式の抽出：

• 大きな表を認識し、２つ以上の表のセルにまたがる領域を作成することを避けることで、(テキストと画像の領域を特定している間の) 文書の分割能力が向上しました。大きな表の中のテキストから分子を作成することを避けるためです。

  Extraction from page 219 of patent WO2004076412 by CLiDE Professional 4.4

  Extraction from page 219 of patent WO2004076412 by CLiDE Professional 5.1

  
  
• 長いセパレータ (例：表のヘッダなどの線) による文書の分割を向上しました。いくつかの文字がこれらのセパレータに付属していることがあるかもしれないことに注意してください。これは囲まれたテキストを持つグラフィカルな領域に分類してしまうことを避けるためです。

  Extraction from page 200 of patent WO2004076412 by CLiDE Professional 4.4

  Extraction from page 200 of patent WO2004076412 by CLiDE Professional 5.1

  
  
• ２重ボンドやより小さなボンドの線を失わないように、分子の抽出を改良しました。
  
  

  WO2004108133- Page26-35.pdf	CLiDE Professional 4.4	CLiDE Professional 5.1

  
  
• ベクトルグラフィックスの図に対して、‘-’ 記号を持つ文字の処理が向上しました。以前は、この文字は、近くにある文字 (原子ラベル) に関わらず自動的に負電荷とみなされていました。最新版では、これが他の文字の間にある場合は、「ハイフン」文字であると判断するようになりました。この改良により、‘i-Pr’ のような原子ラベルは ‘iPr-’ ではなく、正しく解釈されるようになりました。
  
  
• ベクトルグラフィックスの図において、白で書かれたグラフィックス形状は破棄されてるようになりました。この変更により、次のような例は、分子の下に書かれた白い矩形領域を回避することで、適切に処理されるようになりました。

  ベクトルグラフィックスの ２つの構造式

  CLiDE Professional 4.4 で 抽出された化学構造式

  CLiDE Professional 5.1 で 抽出された化学構造式

 

超原子 (スーパーアトム) データベース：

• 超原子データベースに次の超原子を追加しました：
  MeN

 

分子表示：

• R 基原子のハイライト色を黄色 (暖色) から青色 (寒色) に変更しました。R 基の原子をエラーと混同しないようにするためです。

  ----→

  
  
• エラーのある分子のハイライト背景ボックスの色を変更しました。個々のエラーをより分かりやすく表示するためです。

  ----→

 

ユーザーインターフェイス：

• Edit/View メニューのメニュー項目と、文書の表示領域での右クリックによるポップアップメニューの項目を見直しました。次の変更が行われました：
  
  
  • ‘Select All’ は ２つのメニュー項目に分割されました：
    
    -‘Select All Molecules’ (キーショートカット：Control + A)
    これは CLiDE が分析した文書内の抽出されたすべての分子を選択します。このメニュー項目は、ユーザーが文書表示領域で右クリックをした場合にのみ、ポップアップメニューに表示されます。
    アクティブな選択モードがテキスト選択であった場合、自動的に選択モードをマーキー選択に切り替えることに注意してください。
    
    -‘Select All Text’ (キーショートカット：Control + Shift + A)
    これは入力文書のすべてのテキストを選択します。このメニュー項目は、ユーザーが入力文書表示領域で右クリックをした場合にのみ、ポップアップメニューに表示されます。
    アクティブな選択モードがマーキー選択や投げ輪選択であった場合、自動的に選択モードをテキスト選択に切り替えることに注意してください。
    
    
  • ‘Copy’ は ‘Copy Selected Text’ となりました (キーショートカット：Control + Shift + C)
    これは選択したテキストをクリップボードにコピーします。
    
    
  • ‘Reload’ は ‘Reopen Document’ となりました
    これは文書を再オープンします。文書を再オープンすると、抽出されたすべての分子が失われることに注意してください。このメニュー項目はポップアップメニューから削除されました。これにより、誤ってクリックすることにより分子を失うことがなくなります。このメニュー項目は View メニューの下にあります。
    
    
  • ‘Copy Image’ と ‘Save Image As’ は、ユーザーが入力文書表示領域で右クリックをした場合にのみ、ポップアップメニューにのみ表示されます。
    
    
• 文書を閉じた後、分割表示を止めることで文書を閉じること (‘Close Document’ で) がよりスムーズになりました。これは文書を閉じる直前の短い時間でのフルサイズの入力文書のレンダリングを回避します。
  
  
• 分子が文書のページから抽出されているとき、ステータスバーのアイコンが ‘ready’ ではなく ‘information’ に設定されるようにしました。

 

バグフィックス

化学構造式の抽出：

• 接続された部品の抽出時に発生するクラッシュを修正しました。