CrystalMaker の直交座標（Orthogonal coordinates）はスクリーン座標です

CrystalMaker の直交座標は、スクリーン左下を原点とし、スクリーン面の垂直方向を Z軸方向とするスクリーン座標です。これは、結晶や分子モデルを回転させたときに、その様子がわかるようにするために用意されています。

結晶モデルをインポートした直後は、原子の座標は結晶構造の座標で表示されていますが、モデルを回転させると自動的に直交座標に切り替わります。したがって、この状態で原子間距離などを計算しても、スクリーン座標での長さとなり、正しい原子間距離は計算できません。