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ATOMS / SHAPE / VIBRATZ 製品情報
更新日: 09/11/09

チュートリアル1:グルタル酸(Glutaric Acid)

ここでは、原子データと結合データの基本的な入力方法と、相互貫入する原子の空間充填形式での表示方法を説明します。(原子位置と半径のデータは即席で用意したもので、現実のものではありません。)

  1. Atoms のスタートアップウィンドウの「New」をクリックすると、Title-Axes ダイアログが現われます。 Title フィールドに「Glutaric Acid」と入力します。 Structure axes コンボボックスから「unit Cartesian」を選択します。
  2. Symmetry Option ダイアログで、「Point group from Table」を選択します。
  3. 「Symmetry - Point Group from Table」サブダイアログで、「mm2 - C2v」を選択します。
  4. 「Boundary Option」 ダイアログで、「No Boundaries (molecule)」を選択します。
  5. 「Crystal Forms for Display」ダイアログの「Display forms」項目から、「None」を選択します。
  6. 「Input Atoms」ダイアログから、「Add...」ボタンを押して、原子情報を入力します。
  7. まず、炭素(C)原子を 3つ入力します。これら 3つはいずれも、Type に 6 (炭素の原子番号)を、Radius に 0.75 を設定します。 Colors では、任意の色を設定できますが、 境界線(rims)には黒(RGB値:0, 0, 0)を、塗り潰しの色には灰色(RGB値:85, 85, 85)を設定します。 色の設定は、RGB フィールドに直接値を入力するか、「Select...Color」ボタンを押して現われる選択画面からあらかじめ用意された 16 色を選択できます。Black-and-white pattern numbers では、Rim: には 15、Fill: には 2 を設定します。 このようにして一度入力された項目は、「Next」ボタンを押して次の原子の入力に引き継ぐことができます。

  8. 原子毎に異なる値をもつのは、Label と座標 (x, y, z) のフィールドです。 最初に入力した原子は、以下の原子番号1で示された値が入力されます。そして、続いて示されるフィールドを入力するには、New ボタンをクリックします。2 番目の原子のダイアログでは、最初に入力されたデータと同じものがあらかじめ入力されていますので、Label と x, y, z 座標の値を以下に示す 2 の値に置き換えます。3つ目の炭素原子も同じ手順で入力します。なお、これらの値はオングストロームを単位とする絶対座標であることに注意してください。
    Carbon atoms: Label x y z
    1) C1 0.0 0.0 0.0
    2) C2 0.0 0.943 0.333
    3) C3 0.0 1.886 0.0

  9. 次に、水素 (H) 原子を3つ入力します。 炭素原子の入力と同様に「Add...」ボタンを押します。Type に 1 を、Radius に 0.4 を設定します。 境界線とパターンの色は黒のままでよいですが、塗り潰しの色とパターンは炭素原子の色とは違うものが良いので、ここでは、塗り潰し色にグリーン (0, 255, 0) を、パターンに 8 を設定します。新たに入力される原子は、Label と座標 (x, y, z) のみが違うので、以下に示す値をそれぞれ入力します。
    Hydrogen atoms: Label x y z
    4) H1 0.52 0.0 -0.233
    5) H2 0.52 0.943 0.566
    6) H3 0.0 2.4 -1.1

  10. 次に、酸素(O)原子を2つ入力します。Type に 8 を、Radius に 0.75 を設定します。塗り潰し色は赤 (255, 0, 0) に、パターンは 5 に変更します。
    Oxygen atoms: Label x y z
    7) O1 0.0 2.794 0.419
    8) O2 0.0 1.794 -0.996

  11. 8 番目の原子の入力が終わったら、OK ボタンを押します。
  12. Input Atoms ダイアログに戻り、入力されたリストを確認します。もし、入力間違いが見つかった場合は、「Revise」ボタンを押すことで原子毎の情報を修正できます。
  13. Polyhedra (多面体) ダイアログが現われます。 ここでは利用しないので、そのまま OK ボタンを押します。
  14. Bonds ダイアログが現われます。「Add Bonds」ボタンをクリックします。
  15. 「Input Bond Data」サブダイアログが現われます。ここで、結合 (Bond) を4つ入力します。 なお、ここで使用する原子は、相互侵入表示となるため、radius (半径) と、色およびパターンは利用されませんので、省略します。 Min distance フィールドには 0.4 以下を、Max. distance フィールドには 1.2 を設定します。以下のリストに示す値を設定したら、New を押して結合 1 から 結合 2 という具合に移動します。
      Atom type 1 Atom type 2 z
    1) 6 6 (C-C)
    2) 6 8 (C-O)
    3) 6 1 (C-H)
    4) 8 1 (O-H)
  16. 「Bonds」ダイアログに戻り、入力に間違いがないか確認します。なければ OK ボタンを押します。
  17. 「End of Mandatory Input」(必須入力の終了) が現われます。これで、新規データの入力が終わりました。ここで、ダイアログを使って Input2 のデータを設定するか、あらかじめ設定されたパラメータ値を利用するかを選択できます。もし、New インプットから開始して、構造ファイルがメモリに存在していれば、そこで利用されているパラメータ(Current Values)を選択することもできます。ここでは、Continue を選択し、サンプルファイル GLUT.STR と結果が同じであることを確認します。
  18. Crystal Edge and Display ダイアログが現われます。結晶の形状に関しては、ここで利用する分子には該当しませんので、Display 項目で、Atoms only を選択します。
  19. Perspective Viewing ダイアログが現われます。この分子ではあまり効果がないので、ここではチェックを外します。
  20. Stereopairs ダイアログがあらわれます。「Stereopairs on」ボックスにチェックを入れることも可能ですが、その場合は、スクリーン画像を 3D で見るための特別なビュアーが必要になります。
  21. Rims or Edges ダイアログが現われます。すべてのボックスにチェックを入れます。陰影のない表示やモノクロ表示の場合に境界線は役立ちます。 陰影のある表示の場合は、一般に境界線を非表示にした方が良いです。
  22. Line Width ダイアログが現われます。「Set All to 0」 ボタンをクリックして全ての値を 0 にします。これによって、画面上では 1 ドットの幅をもつラインが表示され、ラスタ方式で出力されます。「Use Individual」ボタンはすべて外しておいてください。
  23. Shading ダイアログが表示されます。 ここでは「Shading for atoms」、「Shading for bonds 」、「Shading for polyhedra」のボックスのチェックをオフにします。陰影表示にしたい場合はあとからこのチェックを選択できます。
  24. Background Color ダイアログが現われます。スクリーンで表示させるには、(170, 170, 170) 程度の明るめかミディアムの灰色が好ましいです。
  25. 「Dislpay of Crystal Axec」ダイアログと、「Unit-Cell Display」ダイアログが表示されます。ここでは、いずれも非表示にします。

  26. 「Thermal Ellipsoid Parameters」 ダイアログが現われます。ここでは Cancel ボタンを押してこのダイアログを飛ばします。
  27. 「Initial Orientation」ダイアログが現われます。Initial Cartesian rotations の x, y, z の値を 0 にして、Clinographic viewing チェックボックスをオンにします。
  28. Scalling ダイアログが現われます。Scale mode 項目の「Maximize size for each view」を選択します。
  29. Centering ダイアログが現われます。センタリングモードから「Automatic Centering」を選択します。
  30. Calculation Output ダイアログが現われます。 Output: コンボボックスから「No Output」を選択します。
  31. ダイアログがすべて終わると、データファイルを保存するかどうかを聞かれます。
  32. メッセージボックスが現われて、「New input completed - calculate now? (新しいインプットが完成しました。計算を開始しますか?)」と表示されます。
  33. 「Yes」をクリックすると、即座に結果が表示されます。
  34. ここで入力した結果は、SAMPLES サブフォルダにある GLUT.STR ファイルと比較することができます。ファイルメニューの Listings > List Input コマンドを使えば、それぞれのインプットパラメータの違いを確認できます。
  35. Input2 メニューにある Shading ダイアログをつかって、陰影表示を試みることもできます。 陰影付きの描画は、Input2 メニューにある Rims ダイアログを使って境界線をなくした方が良くみえます。ただし、256 色のディスプレイ環境にあり、32 シェーディングゾーンを利用していれば、この炭素原子は真っ黒に表示されてしまいます。Input1 メニューにある Atoms - global ダイアログを利用して、6種類の原子の塗り潰しの色を Choose Color ダイアログ内のひとつの色に変更できます。