チュートリアル 21: BLAST 検索

Gene Inspector では、インターネットを使用して BLAST 検索を実行できます。この解析には、まずはじめにプログラムとデータベースサーバーが通信できるようにインターネット接続用のパラメータをセットアップすることが必要となります。インターネット接続環境を用意できなければ、このチュートリアルを実行することはできません。

インターネットに接続する方法はその人がいる場所によって異なりますので、場合によっては以下の内容がうまくいかないことがあるかも知れません (大抵の場合は問題ありませんが)。接続に関して問題がありましたら、所属のネットワーク管理者にお問い合わせください。インターネットの接続方法はサイトによって少しずつ異なりますので、この問題に関しては Textco 社では対応することはできません。接続に関する問題を解決できるのは所属サイトのネットワーク管理者のみです。

1. それでは、新たに実行する解析として Nucleic acid analysis を選択し、その中から BLAST Search を選択します (解析リストの一番最後に用意されています)。図 2.47 に示すような BLAST セットアップパネルが表示されるはずです。このダイアログの各種オプションに関してはこのマニュアルの別な箇所で詳しく紹介しています (“BLAST Search” 参照)。ここでは、図 2.47 に示すのと同じパラメータを入力することにしましょう。

   図 2.47：BLAST セットアップパネル

   
   
2. Input Sequences アイコンをクリックして、シーケンスに Drosophila 5S を選択します (それ以外のシーケンスでも結構です)。
   
   
3. 直接またはモデム経由のいずれでも構いませんが、インターネットに接続していることを確認します。Run ボタンをクリックすると、BLAST サーバーにクエリーが送信されます。クエリーが送信されると、その結果が GI によって一定間隔で監視されます。
   
   
4. GI ノートブックに表示される BLAST 出力オブジェクトには GI の現在の作業状況が告知されます。BLAST サーバーからの応答があると、ウェブブラウザに検索結果が表示されます。

チュートリアルは以上で終了です。