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更新日: 14/05/15

CIF 形式ファイルで発生する読込エラーと対策

CIF (Crystallographic Interchange File) 形式は、最近、データ交換によく使用されるようになり、そのためのテンプレートも提供されています。

人間が判読可能な形式としてよく推薦されますが、実際のところ CIF 形式は複雑で、エラーを起こさないようにするためには、細かなルールを知っておく必要があります。CrystalMaker は、この点で非常にうるさいです。なぜなら、その他のプログラムと違い、CrystalMaker は短時間でファイル形式を判別し、結晶構造、結合、多面体などを作成しなければならないからです。

 

よく見られる CIF のエラー

1. Data tags with no matching data item(s)

CIF のデータタグ (アンダーバー "_" で始まります) は、必ずデータアイテム (英数字の文字列) を持っていなければなりません。

 

2. Data strings not correctly delimited

文字列にスペースがある場合、引用符 (1行の文字列) またはセミコロン (複数行の文字列) で囲まれていないと、複数のアイテムとみなされます。

 

3. Loops with no data tags and/or data items

loop_ 構造には、必ず 1つ以上のデータタグ、データアイテムが続いていなければなりません。

 

4. Loops with inconsistent data tags and/or data items

loop_ 構造の中で、データタグの数とデータアイテムの数は一致しなければなりません。

 

CIF ファイルの評価

International Union of Crystallography (IUCr) は、CIF 形式ファイルを開発した団体ですが、作成した CIF フィアルが仕様に準拠しているかどうか評価するフリーのツール vcif を配布しています。CIF 形式ファイルを使用するユーザーは、このツールをダウンロードすることを推奨します。

 

Mac に vcif をインストールするには

  1. gcc コンパイラを使ってソースコードをコンパイルするために、Mac OS X の Developer ツールをインストールしておいて下さい。(Developer ツールは、SnowLeopard 以前の MacOSX の場合は、MacOSX インストール CD に収録されています。)

  2. ソースコード (UNIX 用の tar 圧縮ファイル) をダウンロードして下さい。

  3. 圧縮ファイルを解凍すると、vsif の名前の入ったフォルダが表れます。

  4. アプリケーションユーティリティターミナルを起動し、vcif フォルダにディレクトリを移動して下さい。

    参照:ターミナルに「cd 」と入力し (3文字目はスペースです) 、vcif フォルダをターミナルウィンドウにドラッグすると、パスが入力されます。リターンキーを入力すると、カレントディレクトリが設定されます。

  5. ターミナルで「make」と入力しリターンキーを押すと、実行コードが生成されます。

 

vcifの使い方

  1. アプリケーション|ユーティリティ|ターミナルを起動し、vcif フォルダにディレクトリを移動して下さい。

  2. CIF ファイルは、vcif フォルダの中に移動しておいて下さい。

  3. ターミナルで「./vcif 」と入力し (7文字目はスペースです) 、続いて CIF ファイルの名前 (大小文字の区別があります) を入力してリターンキーを押して下さい。CIF ファイルが「myfile.cif」の場合は、以下のように入力します。

    ./vcif myfile.cif
      
  4. vcif プログラムが CIF ファイルをスキャンし、エラーを発見するとターミナルウィンドウに表示します。

    例:
    ERROR: Unexpected string (min) at line 87
    ERROR: Number of loop elements not multiple of packetsize at line 273

    テキストエディタで CIF ファイルを開き、エラーと表示された行を編集して正しい CIF ファイルにして下さい。
  実際に2つのファイルをチェックした例
vcif_terminal

 

関連情報

記事原文:

備考

Windows で利用できる GCC コンパイラ (MinGW または Cygwin) を利用して同様に vcif プログラムをコンパイルすることができます。

 

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