ヒューリンクステクニカルサポート
CrystalMaker サポート情報 CrystalMaker 製品ページ
更新日: 14/05/15

ORTEP モデルの作成

CrystalMaker は、様々な様式で結晶モデルを表示することができます。ここでは、その中の特殊な例として、ORTEP 図によく似た白黒の熱振動楕円モデルを作成します。

CrystalMaker で Cubane 分子をフルカラー (左) および白黒 (右) でモデル化した例

 

CrystalMaker は、その他の可視化プログラムと同じように、モニター解像度とビデオカードの機能を最大限に活かして、写真品質のカラーグラフィクスを作り出します。(CrystalMaker は、それだけでなく、印刷品質の高解像度プリントも可能です。)

そうした見栄えのよいグラフィクスが求められる一方で、ときにはシンプルなもの、すなわち構造の本質がわかれば十分な場合もあります。CrystalMaker には、こうしたニーズに応える豊富なオプションを用意しています。

CrystalMake を使えば、原子、熱振動楕円、化学結合、多面体など、さまざまな選択が可能です。さらにそれぞれのモデルに対して、カラー、グレースケール、白黒モードの選択ができます。

ここでは有機分子の白黒画像を、Oak Ridge Thermal Ellipsoid Program (ORTEP) のモデルとよく似た熱振動楕円で作成します。あらかじめ用意されたサンプルデータとして使用します。

1. 白黒画像

まず最初に、レンダリングモードをデフォルト設定のカラーから白黒に変更します。メニューバーから Rendering|Black-and-White を選択します。背景色が白になり、原子の球、振動楕円、化学結合などのモデル部品が白黒表示に変ります。

 

2. 熱振動楕円表示

Model|Thermal Ellipsoid メニューコマンドを選択して、原子を熱振動楕円表示に変更します。(開いているモデルが熱振動楕円データを持っていない場合は、このコマンドがグレー表示になっていて選択ができません。)

 

3. モデルのオプション

表示スタイルを調整します。この作業は、Model Options ウィンドウで行います。Model|Model Options メニューコマンドをクリックするとウィンドウが表されますので、Atoms タブを選択して下さい。原子ごとにグループ化されたリストが表示されます。

Model Options ウィンドウの Atoms パネルを開くと、中空の赤道八分儀楕円体形式の C 原子グループと、中空の球形式の H 原子グループが表示されています。

原子の表示形式である球 (Sphere) 、熱振動楕円 (Ellipsoid) 、多面体 (Polyhedron) に関して、列全体を、あるいは個々の原子の 行だけを変更することができます。

  1. Atoms パネルを開く
    まだ開いていない場合は、Model|Model Options コマンドをクリックして Model Options を開き、Atoms タブを選択して下さい。

  2. Default の Ellipsoid を選択する
    Default の表示がある行で、熱振動楕円のアイコンをクリックします。するとポップアップメニューが開き、さまざまなスタイルを選択することができます。Hollow Equatorial Octant を選択すると、Default 行のアイコンが変更されます。

  3. Default のスタイルを適用する
    変更した Default のスタイルを、列全体に適用します。Default に表示されている熱振動楕円体の右側にあるグレーの下矢印をクリックして下さい。(原子のリストの右側エリアにある Use Default Style ボタンを押しても結構です。)

  4. 水素原子を小球で表示
    水素などの軽い原子の場合、熱振動楕円データを無視し、その代わり小球を使ってその位置を表示することがよくあります。リストをスクロールダウンして水素原子の行に行き、熱振動楕円体の左側に付いているチェックボックスを OFF にして下さい。

  5. 構造の再プロット
    これらの変更を適用して表示させるために、ウィンドウの右下にある Apply ボタンを押します。

4. 化学結合のスタイル

モデルに表示されている化学結合のスタイルを変更します。さきほどの熱振動楕円のオプションと同じように変更することができます。

Model Options ウィンドウの Bonds パネルを開くと、Plain Cylinder スタイル (白の塗り色) がすべての化学結合に使用されています。
  1. Bondsパネルを開く
    Bonds タブをクリックし、Bonds オプションの設定パネルを開きます。

  2. Defaultの化学結合スタイルを選択する
    Default の表示がある行で、化学結合のアイコンをクリックします。するとポップアップメニューが開き、さまざまなスタイルを選択することができます。Plain Cylinder を選択し、Default のスタイルを変更します。

  3. Defaultのスタイルを適用する
    変更した Default のスタイルを、列全体に適用します。化学結合リストの右側のエリアにある Default Style を押して下さい。

  4. 構造の再プロット
    これらの変更を適用して表示させるために、ウィンドウの右下にある Apply ボタンを押します

5. Summary

以上で、ORTEP 形式の白黒プロットが完成しました。Window|Synchronize コマンドを使用して、テンプレートにこのスタイルを保存することができます。