DNA 配列のアセンブリとアラインメント

CodonCode Aligner を使ってできること

• テキストファイルからのシーケンスの読込み
• ABI ファイル、SCF ファイル、FASTQ ファイルからの
  シーケンスの読み込み
• End Clip 機能 (低品質のシーケンス末端を切り取る機能)
• ベクターのトリミング
• コンティグのアセンブル
• 参照シーケンスへの整列
• 各コンティグのトレースへのリンクは維持しながら整列
• サンプル名に基づくグループ単位のアセンブルや整列
• ヘテロ接合型突然変異の検索
• ヘテロ接合性の挿入 (insertions) と欠失 (deletions) の分析
• プライマーの設計
• ユーザー定義した特徴 (features) 間のナビゲーション機能
• 系統樹と制限マップの生成
• Aligner プロジェクトから直接 Phred および Phrap を実行
• シーケンスと特徴 (features) の出力
• 差分表とタンパク質翻訳を参照
• RFLP 分析用の酵素を検索し、仮想ゲルを作成
• メチル化されたシーケンスを分析し、生のトレースデータを表示
• 制限クローニングステップの計画と可視化
• 対立遺伝子を分離
• 関心領域 (features) の定義：低品質のコンセンサス領域など
• 細菌ゲノムと小規模な NGS シーケンスプロジェクトの組立て
• バーチャル制限クローニングを用いたクローニング実験の
  計画
• ギブソンアセンブリを用いたバーチャルマルチフラグメント
  クローニング

CodonCode Aligner を使えば、難しいコマンドラインオプションや Perl プログラミングを学ばなくても、ベースコーリング (塩基判定) やシーケンスアセンブリのための最新アルゴリズムをフルに活用することができます。