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CS Chem&Bio Office シリーズに関する皆様からのご質問のうち、よくある質問を掲載しました。
Chem & Bio Office チュートリアル
Chem&Bio シリーズ | 更新日: 07/11/26

Chem & Bio 3D チュートリアル > Tutorial 6: Overlaying Models

チュートリアル 6:モデルのオーバーレイ

オーバーレイを使うと、モデルの構造や立体配座の類似性を比較することができます。

エピネフィリン メタンフェタミン

Chem & Bio 3D 11.0 では二種類のオーバーレイ技術を利用できます:

  • 高速オーバーレイアルゴリズム
  • 最小化計算に基づくマニュアルによる手法

    ノート:高速オーバーレイは、ChemBio3D Ultra 11.0 と Bio3D Ultra 11.0 でのみ利用可能です。

このチュートリアルでは、高速オーバーレイを実行する方法を紹介します(最小化による手法については、マニュアルの Comparing Models by Overlay をご覧ください)。最小化による手法はこれより精度は高いですが、高速オーバーレイアルゴリズムの方がロバストに分析を実行できます。どちらの例も、メタンフェタミン (Methamphetamine) 分子を エピネフィリン (アドレナリン) 分子に重ね合わせて2つの構造の類似性を見ていきます。

  1. File メニューの New を選択します。
  2. View メニューの Model Explorer を選択します(Model Explorer が非表示になっている場合)。
  3. Building ツールバーの Text ツールを選択し、モデルウィンドウをクリックしてください。テキストボックスがあらわれます。
  4. テキストボックスに 「Epinephrine」(※E は大文字) とタイプして Enter キーを押します。 エピネフィリンの分子モデルが表示されます。
  5. モデルウィンドウの別の位置をもう一度クリックし、別のテキストボックスを開きます。
  6. テキストボックスに記載された Epinephrine の文字をすべて選択し、これを Methamphetamine に書き換えて Enter キーを押します。

    Model Explorer にメタンフェタミン (Methamphetamine) 分子が表示されます。

    2つのフラグメントは複雑に絡まりあっていると思います。先に進めるまえにこれらを引き離してみましょう。

フラグメントを動かすには:

  1. フラグメントを選択するには、Model Explorer にリストされているフラグメント名をクリックします。
  2. Move Objects ツール () を使用して、モデルウィンドウ内のモデルを Shift キーを押しながら移動させたい位置までドラッグします。移動中はフラグメントの位置を示すボックス又は楕円が表示されます。

    Tip:モデル全体とは別にフラグメントのみを回転させることができます。回転させたいフラグメントに含まれる原子を最低1個選択したら、Shift キーを押しながら Trackball ツールを使用します。これを使ってフラグメントの向きを変えてみましょう。

この時点で、移動させたいフラグメントとターゲットとなるフラグメントを選択してください。この例では、2つの化合物しかないので、問題にはなりませんが、幾つもの化合物を一つのターゲットに重ねあわせたいという場合はこれが重要になってきます。

  1. Move Objects ツール () を使用してモデルウィンドウの空白域をクリックしてください。フラグメントの選択状態が全て解除されたことを確認します。
  2. Model Explorer ウィンドウで、Epinephrine フラグメントをクリックして選択状態にします。
  3. Epinephrine フラグメントを右クリックし、Overlay から Set Target Fragment を選択します。ターゲットに選択したフラグメントのアイコンがターゲットに変わります。
    Epinephrine をターゲットに指定

  4. Model Explorer ウィンドウで Methamphetamine フラグメントを右クリックします。
  5. コンテクストメニューの Overlay から Fast Overlay を選択します。
    Methamphetamine をオーバーレイさせた結果

    2つのフラグメントが重なり合います。数字は、一致したオーバーレイ (Methamphetamine) 原子に対応するターゲット (Epinophrine) 原子のシリアル番号をあらわします。
    Tip:グループではなくフラグメントをターゲットに指定することもできます。但し、オーバーレイするのはフラグメントかグループのいづれかです。
  • 高速オーバーレイモードを解除にするには、Overlay メニューから Clear Target Fragment を選択してください。

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